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Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: Abandon de l'annotation des séquences qui sont >95% identiques

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Abandon de l'annotation des séquences qui sont >95% identiques
P_Hingamp_16
28 Jan 2016 13:47
Game master

L'idée est de ne pas annoter les séquences métagénomiques qui sont déjà répertoriées dans les banques de données. Donc si lors du BLASTp contre NR vous observez des homologues identiques (100% d'identité ou presque), alors faites un BLASTn rapide entre la séquence métagénomique totale (pas juste l'ORF) contre NT (la version nucléotidique de NR): si vous obtenez 95% d'identité ou plus sur toute la longueur de la séquence d'ADN, alors abandonnez l'analyse de cet ADN et passez à un autre fragment métagénomique!..

Bonnes annotations!
PH
 

tmcrew
28 Jan 2016 14:07
Non evaluated contribution

Merci pour votre réponse, le pourcentage est de 79% pour la séquence métagénomique, j'ai confondue avec le % querry qui est de 98% sur l'orf (avec 94% d'identité).

Bonne journée