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Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: Conclusion sur la provenance de notre ORF

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Conclusion sur la provenance de notre ORF
Pilgrim
16 Dec 2015 0:17
Contribution: Pertinent

Bonjour,

Dans notre séquence nous ne pouvons pas conclure si notre ORF provient d'une gammaproteobacterie ou d'une cyanobacterie à cause d'une HGT. Ainsi nous pouvons dire uniquement que notre ORF appartient au groupe monophyletique contenant à la fois les protéobacteries et les cyanobacteries. Nous avons trouvé le groupe eubacterie. Existe-t-il un groupe plus précis contenant les protéobacteries et les cyanobacteries ?

P_Hingamp_15
18 Dec 2015 12:59
Game master

Bonjour,

Etant donné que vous devez utiliser la classification taxonomique du NCBI, et que dans cette classification les deux taxa qui vous concernent sont de niveau "Phylum":
LUCA: Bacteria; Proteobacteria
LUCA: Bacteria; Cyanobacteria
le dernier ancêtre commun ("Last Common Ancestor") à ces deux phyla est en effet "Bacteria". Ca manque clairement de précision, mais vous n'avez guère d'autre choix si l'assignation est indécise entre ces deux clades, c'est la conséquence de notre actuelle incapacité à mieux résoudre les événements évolutifs à l'origine des différents phyla bactériens...
 

Pilgrim
18 Dec 2015 14:59
Non evaluated contribution

Merci de votre réponse.