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Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Thread subject: Pertes de positions conservés

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Pertes de positions conservés
JuSzLuCi
5 Dec 2015 11:49
Contribution: Pertinent

 

Bonjour,

Nous avons une questions au sujet de l'alignement multiple. 

Nous avons cherché à baisser le nombre de séquences dans le groupe d'étude parce qu'il y'en avait trop et (plus d'une vingtaine). Cependant, en enlevant certaines, qui étais un peu plus éloigner de l'ORF dans l'arbre, on perdus des positions conservés avec G-blocks (on est passé de 82 positions à 64).

Est il préférable de conserver le premier alignement?

P_Hingamp_15
5 Dec 2015 13:58
Game master

Les alignements ne sont plsu visibles sur la fiche TO25D_5191010.71 donc il n'est pas facile de commenter. A priori, il est préférable de retenir un alignement multiple qui présente plus de positions conservées. De plus, 20 séquences dans le groupe d'étude, ça ne parait pas particulièrement excessif... Ce qu'il faut savoir repérer, ce sont les séquences qui "ruinent" vos alignements multiples: les non-homologues bien sûr, les homologues vraiment trop distants, les homologues tronqués, les homologues qui introduisent beaucoup trop d'INDEL.

Bon courage!