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Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: problème d'ORF

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problème d'ORF
lun
18 Nov 2015 14:46
Non evaluated contribution

Bonjour Mr j'ai une petite question pour corriger ma 1ère séquence. 

pour la recherche d'ORF, ma séquence possède 5 ORF: mon ORF 1,2,4 ne peuvent être utilisés, mon ORF 3,5 contiennent des codon STOP dans la séquence. j'avais choisis l'ORF 5 vous m'avez marqué "coordonnées de l'ORF fausses, d'ou les stop dans la séquence protéique" & "ORF inexact (contient des codons stop". j'en conclue donc que je ne peux pas l'utiliser pour continuer mon analyse, ce qui va de même pour l'ORF3, du coup est ce que je dois tout recommencer avec une nouvelle séquence ou je peux quand même y travailler dessus ? 

P_Hingamp_15
20 Nov 2015 10:44
Game master

Bonjour,
En regardant rapidement vos résultats, il semble tout à fait légitime de poursuivre l'étude avec l'ORF5 (plus long, plus d'homologues). Le fait qu'il soit incomplet en 3' est à noter, mais n'empêche pas a priori l'analyse (par contre il semble complet en 5'!). Les coordonnées de l'ORF sont en effet fausses car vous proposez d'étudier l'ORF5 alors que les coordonnées indiquées [232-594 sens indirect] sont celles de l'ORF3!? Enfin n'oubliez pas de retirer le dernier codon, lorsque celui-ci est un STOP (car de l'ORF3, mais pas de l'ORF5 semble-t-il)...