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Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: ORF en sens indirecte prennant la totalité de la séquence.

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ORF en sens indirecte prennant la totalité de la séquence.
JuSzLuCi
24 Oct 2015 14:53
Contribution: Pertinent

Bonjour,

Voici notre probable seconde séquence. Nous ne savons pas si nous pouvons continuer à travailler dessus à cause du problème suivant:

Via l'ORF FINDER SMS, nous avons eu en sens directe 4 petits ORF (possiblement des faux positifs) et un très grand ORF en sens indirecte. Nous voulons être sûr qu'il ne s'agisse pas simplement d'un chevauchement (car les séquences en sens directe sont relativement petite et donc pas très intéressante à étudier).

Merci

P_Hingamp_15
24 Oct 2015 15:29
Game master

Bonjour,

Il est tout à fait classique de trouver des (généralement petits) ORF inclus ou chevauchant un grand ORF. Le plus souvent, le grand ORF est réellement un
gène codant (vrai positif), et les petits ORFs inclus ou chevauchants sont des faux positifs (juste quelques codons sans stop). Les résultats des BLAST pourront
peut-être conforter cet apriori? Attention toutefois, car il est visible dans vos résultats de ORFinder que vous n'avez pas défini la taille minimale des ORF à 60
acides aminés...

J'en profite pour mentionner que j'ai mis à jour les règles du jeu, notamment avec des instructions plus complètes autour de la recherche d'ORF (comment faire
le schéma, que signifient les quatre classes FP, ORFan, Novel & Known) et en indiquant que vos différentes tables doivent être numérotées et avoir un titre.

Bon week end!

lun
18 Nov 2015 14:18
Non evaluated contribution

Bonjour Mr j'ai une petite question pour corriger ma 1ère séquence. 

Pour la recherche d'ORF, ma séquence possède 5 ORF: mon ORF 1,2,4 ne peuvent être utilisés, mon ORF 3,5 contiennent des codon STOP dans la séquence. j'avais choisis l'ORF 5 vous m'avez marqué "coordonnées de l'ORF fausses, d'ou les stop dans la séquence protéique" & "ORF inexact (contient des codons stop". j'en conclue donc que je ne peux pas l'utiliser pour continuer mon analyse, ce qui va de même pour l'ORF3, du coup est ce que je dois tout recommencer avec une nouvelle séquence ou je peux quand même y travailler dessus ? 

lun
18 Nov 2015 14:19
Non evaluated contribution

Bonjour Mr j'ai une petite question pour corriger ma 1ère séquence. 

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Pour la recherche d'ORF, ma séquence possède 5 ORF: mon ORF 1,2,4 ne peuvent être utilisés, mon ORF 3,5 contiennent des codon STOP dans la séquence. j'avais choisis l'ORF 5 vous m'avez marqué "coordonnées de l'ORF fausses, d'ou les stop dans la séquence protéique" & "ORF inexact (contient des codons stop". j'en conclue donc que je ne peux pas l'utiliser pour continuer mon analyse, ce qui va de même pour l'ORF3, du coup est ce que je dois tout recommencer avec une nouvelle séquence ou je peux quand même y travailler dessus ? 

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