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Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: Recherche de la valeur seuil

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Recherche de la valeur seuil
LaurieNoemie
5 May 2015 11:11
Non evaluated contribution
Bonjour,

Nous avons des problèmes pour définir la valeur seuil.

Nous avons dans le tableau deux protéines qui n'ont pas de lien  avec notre fonction protéique putative :
• collagen-binding protein                                       |    2e-13    |     3e-13   |
• Hemoglobin-binding protein C Flags: Precu...                   |    3e-12    |     3e-12   |
• aminotransferase, class V family                               |    4e-10    |     4e-10   |
En effet, ces séquences ne sont pas TonB dépendante: "collagen-binding protein " est présente chez les bactéries à Gram + et non Gram - comme c'est le cas pour notre protéine putative et enfin "aminotransferase, class V family" n'a aucun lien avec notre protéine putative.
Concernant "Hemoglobin-binding protein C Flags", cette protéine revient chez Candica Albican et non chez E.Coli (il me semble)

Cependant, en fixant notre valeur seuil à 2e-13, la perte d'information par rapport aux autres séquences ne serait-elle pas trop importante?

De plus par la suite, avec des e-values beaucoup plus élevées, nous retrouvons :
| • outer membrane insertion C-terminal signal dom...              |    0.63     |     1.2     |
| • bifunctional enterobactin receptor/adhesin pr...               |    0.69     |     0.69    |
| • bifunctional enterobactin receptor/adhesin pro...              |    0.75     |     0.75    |
| • PREDICTED: transmembrane protein 229B-lik...                   |    2.8      |     6.2     |

Ces fonctions n'ont pas de lien avec protéine putative mais fixer une valeur seuil si haut , est-ce vraiment raisonnable? surtout au vu des deux séquences présentes ci-dessus?

Merci d'avance pour votre aide.
Bonne journée.

Cordialement,

LaurieNoemie
B_Wirth15
6 May 2015 18:30
Game master
Bonjour,

- "De plus par la suite, avec des e-values beaucoup plus élevées, nous retrouvons :"
==> NON, ces valeurs sont beaucoup trop élevées, elles ne sont plus significatives
==> De plus, vous avez les séq citées précédemment.

- "Nous avons dans le tableau deux protéines qui n'ont pas de lien  avec notre fonction protéique putative : collagen-binding protein, ..."
==> le seuil est effectivement à définir dans ces environs
==> collagen-binding protein, Hemoglobin-binding protein => donc probablement un récepteur pour ces protéines (collagen et Hemoglobin), donc il y a peut etre un lien avec votre fonction Ton-B receptor ???
==> aminotransferase ==> fonction différente
==> donc 2 possibilités s'offrent à vous :
- soit vous fixez le seuil à 4e-10 aminotransferase, fonction différente des Ton-B receptor, en considérant que les deux séq précédentes sont apparentées à la famille des Ton-B receptor ;
- soit vous fixez le seuil, par précaution, pour etre sur de ne pas prendre de séq non homologue, à 3e-12 Hemoglobin-binding protein OU 2e-13 collagen-binding protein ;
==> les deux possibilités sont bonnes, il faut juste justifier votre choix.

Bon travail,
BW