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Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: Topologie de l'arbre

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Topologie de l'arbre
FranckLea
2 May 2015 18:50
Non evaluated contribution
Bonjour,

Je n'ai absolument pas compris ce que vous attendiez quand vous mettez : Décrire la topologie DES ARBRES, CAD les regroupements (NB DE groupes, sous-groupes, combien de séq ds ces groupes).
Pourriez-vous m'expliquer s'il vous plait ? Faut-il décrire tous les noeuds de l'arbre et quelles sont les séquences qui en découlent ?

Merci d'avance
Léa
B_Wirth15
6 May 2015 18:01
Game master
Bonjour,

C'est un commentaire que je mets lorsque les arbres manquent de description.
- Commencez par dire si vous avez un arbre raciné ou non raciné (normalement, vos arbres sont racinés, puisque c'est à vous de faire l'enracinement avec TreeDyn) ;
- et raciné sur quel groupe extérieur ? celui que vous avez choisi bien sûr.
==> donc vous devriez déjà avoir deux groupes (groupe d'étude + groupe externe) visibles sur l'arbre
==> une chose que vous pouvez déjà dire aussi à ce stade là : est-ce que vous avez bien sorti TOUTES les séq du groupe externe choisi ? Ou certaines se retrouvent-elles dans le groupe d'étude ? combien ? est-ce cohérent avec la taxonomie de référence ? Explications possibles ?

- ensuite dans votre groupe d'étude, pouvez-vos distinguer plusieurs sous-groupes ? combien ? éventuellement, avec combien de séq ?
==> est-ce cohérent avec la taxonomie de référence ? càd, est-ce que vous retrouvez les différents sous-groupes de cyano- (ceux du rapport taxo) sur votre arbre ? est-ce que vous avez bien un groupe de séq euK ? quelle est la position de ce groupe / aux autres séq de cyano- ?

==> cette description peut être agrémentée d'arguments précis, et donc ici du nombre de séquences et/ou de leur nom au sein des groupes que vous décrivez.
==> pour vous aider dans la description de l'arbre, vous pouvez mettre des lettres (A, B, C, ...) sur les noeuds de l'arbre que vous décrivez : ca facilite votre description, et la lecture aussi !

Bon travail,
BW