Charjay
24 Mar 2015 9:53
Contribution non évaluée |
Bonjour,
Nous avons obtenu une liste conséquente d'homologues suite au blast. Nous avons plus de 10000 séquences dont les evalues associées sont aux alentours de e-100. Nous avons lancé plusieurs blast en excluant des groupes taxonomiques pour essayer de détecter un groupe extérieur. Cela s'est révélé infructueux.
Un exemple:
la evalue liée à une protéine d'a-protéobactérie est de 2e-162
evalue pour une protéine d'eucaryote: 1e-140
une evalue associée à une protéine d'archée : 2e-92
Toutes les protéines de la liste appartiennent à la même super famille, celle des aconitases.
Lorsque l'on regarde les alignements 2 à 2, on peut voir que la séquence est bien conservée et s'aligne avec près de 80% d'identité dans chaque cas avec souvent les mêmes domaines communs, qui correspondent surement aux domaines fonctionnels.
Les scores associés sont chevauchants donc nous avons du mal à distinguer un groupe extérieur pour notre analyse phylogénétique.
Pourriez vous nous éclairer?
Merci,
Emma LEJAY
Marine CHARNET |
C_Brochier_13
30 Mar 2015 8:41
Maître de jeu |
Bonjour,
Il n'est pas recommandé de faire des requêtes avec plus de 1000 séquences car dans ces cas là le taxonomy report peut ne pas être accessible.
Si vous avez lancé des requêtes en excluant certains groupes taxonomiques, n'hésitez pas à les faire figurer dans vos résultats et à les commenter.
Si malgré tout, vous n'arrivez pas à dégager de groupe d'étude et de groupe extérieur, alors vous devez faire une première analyse à l'échelle du vivant (en incluant une quarantaine de séquences représentant les trois domaines du vivant).
Si à l'issue de cette analyse, l'arbre obtenu indique une transmission verticale de votre gène dans les trois domaines du vivant (ce qui se traduirait par retrouver une séparation nette entre les trois domaines du vivant, et par retrouver la monophylie des grands phyla au sein de chacun des trois domaines), alors vous pouvez vous appuyer dessus pour faire une seconde analyse en définissant comme groupe d'étude le domaine dans lequel émerge votre séquence, et comme groupe extérieur, les deux autres domaines. Cela implique de refaire une sélection de séquences qui tienne compte de cette définition du groupe d'étude et du groupe extérieur.
Si au contraire les séquences des trois domaines du vivant sont mélangées dans l'arbre à l'issue de la première analyse, vous ne pourrez pas aller plus loin.
Si vous avez d'autres questions nous pourrons en reparler demain.
Céline Brochier
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