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Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: Recherche d'ORF avec atg, gtg, ctg, ttg

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Recherche d'ORF avec atg, gtg, ctg, ttg
genouxcagneux
5 Nov 2014 17:38
Contribution: Refer to Rule Book & FAQ
Bonjour,
nous avons un ORF 1 qui est incomplet en 5' il est le plus grand donc le plus probable, cependant avec une recherche d'orf avec atg, gtg, ctg, ttg on trouve le meme qui commence a 49 nucléotide pour l'analyse de blast devons prendre le plus grand ou celui qui commence par un codon d'initiation?
P_Hingamp14
5 Nov 2014 17:47
Game master
Cette question a été vue très en profondeur en cours: il est difficile de connaître a priori où commence la partie codante d'un gène, donc je recommande de commencer par faire une recherche d'ORF à la mode "gourmande", c'est à dire en remontant le plus possible en amont (donc en mode "any codon" sans contrainte de codon d'initiation). Contraindre le début d'ORF à un codon d'initiation risque juste de vous faire ignorer de précieux acides aminés lors des analyses de séquence (BLAST, phylogénie), et de plus contraindre le début d'ORF au *premier* codon d'initiation ne vous protège absolument pas de la possibilité d'avoir inclus dans votre séquence protéique des acides aminés superflus (en effet, le véritable codon d'initiation pourra très bien être le deuxième, le troisième ou le nième codon d'initiation de votre ORF...

Par contre il est indispensable de revisiter la question du codon d'initiation le plus probable au vu de votre alignement multiple.