Aprés recherche d'ORF avec logiciel SMS on nous indique au moment de choisir "codant" ou "non-codant"
un méssage d'erreur: "[ ERREUR ] ORF contient un(des) codon(s) STOP (*)!"
Pourtant nous avons choisit l'ORF le plus long et on a obtenu un blast pertinent(seul blast acceptable
parmis les ORF) Nous avons donc enlevé le dernier codon de notre ORF (TAA) mais le message d'erreur
reste.Comment savoir si un autre codon stop est inclu dans la sequence de notre ORF?
Doit on conserver cet ORF?

les STOP sont indiqué par une "*", comme le dernier caractère de votre traduction sur la fiche de votre ORF.

Enlevez trois nucléotides à la position de fin de votre ORF et c'est réglé.

Le problème est que nous avons déja enlevé les 3 nucléotides à la position de fin
de notre ORF et le message erreur persiste.
Faut-il également enlever un acide aminé dans la séquence traduite?
On  a tout de meme continué ainsi en réalisant blastp, alignements multiples...adéquat
et lors de la réalisation de notre arbre , notre ORF se situe tout a fait en dehor
de notre groupe d'étude.(nous avons  pourtant utilisé des séquences
de notre groupe d'étude qui possède un score élévé)
On a également dans notre ORF (dans l'alignement multiple ) pratiquement
que des INDEL.Doit-on conclure que notre ORF est non-codant?
Un blastx peut-il nous aider?


                  +--ORF_SK2331
                  !
                +-5   +-------------------P-merdae  
                ! ! +-4
                ! ! ! +----------------P-distason
                ! +-6
                !   !          +--B-uniformi
                !   !          !
                !   +----------8    +B-fragi2  
                !              ! +--7
           +----3              ! !  +B-fragi1  
           !    !              +-9
           !    !                !  +B-thetaio
           !    !                +-10  
           !    !                   !  +B-caccae  
  +--------2    !                   +-11  
  !        !    !                      +B-ovatus  
  !        !    !
  !        !    +-----------B-vulgatus
  !        !
  !        +--------G-forsetii
  !
  1------------------------------------------P-maris  
  !
  +--------------------------------------------------------S-fradiae

Je ne comprends pas car SMS donne:
ORF number 1 in reading frame 3 on the direct strand extends from base 3 to base 443

or vous avez choisi comme coordonnées:         [3 - 443/832] sens direct

Où donc avez-vous enlevé 3 pb???

Pour les reste des questions je ne peux pas répondre car l'aln multiple est manquant, l'arbre n'est pas décoré, les groupes d'étude/ext ne sont pas définis etc. Par contre au vu de la longueur de l'ORF et du BLAST l'ORF est codant bien sûr. Ce n'est pas parce que l'analyse est difficile que l'on peut conclure non-codant...

Si je reprends votre arbre, et en le "décorant" rapidement:
        
                  +--ORF_SK2331                                          [ORF]
                  !
                +-5   +-------------------P-merdae                      [CFB group]
                ! ! +-4
                ! ! ! +----------------P-distason                         [CFB group]
                ! +-6
                !   !          +--B-uniformi                                  [CFB group]
                !   !          !
                !   +----------8    +B-fragi2                                 [CFB group]
                !              ! +--7
           +----3              ! !  +B-fragi1                                 [CFB group]
           !    !              +-9
           !    !                !  +B-thetaio                           [CFB group]
           !    !                +-10           
           !    !                   !  +B-caccae                         [CFB group]
  +--------2    !                   +-11  
  !        !    !                      +B-ovatus                         [CFB group]
  !        !    !
  !        !    +-----------B-vulgatus                                   [CFB group]
  !        !
  !        +--------G-forsetii                                           [CFB group]
  !
  1------------------------------------------P-maris                     [planctomycetes]
  !
  +--------------------------------------------------------S-fradiae    [high GC Gram+]


Vous avez pris les CFB comme groupe d'étude. Qu'est-ce qui vous fait dire que votre ORF sort à l'exterieur de votre groupe d'étude.
Ne vous laissez pas tromper par l'aspect de l'arbre, et n'oubliez pas et que les branches peuvent pivoter autour d'un noeud, sans changer la signification de l'arbre!
Exemple sur votre arbre avec un pivot autour du noeud 5:


                      +-------------------P-merdae                      [CFB group]                
                    +-4
                    ! +----------------P-distason                        [CFB group]                         
                  +-6
                  ! !          +--B-uniformi                                  [CFB group]                
                  ! !          !
                  ! +----------8    +B-fragi2                                 [CFB group]        
                  !            ! +--7                                        
                  !                ! !  +B-fragi1                                [CFB group]
                +-5            !-9                                                     
                ! !              !  +B-thetaio                                [CFB group]
                ! !              +-10
                ! !                !  +B-caccae                                [CFB group]        
                ! !                +-11
                ! !                   +B-caccae                                [CFB group]
                ! !  
                ! +--ORF_SK2331                                                [ORF]
           +----3                                             
           !    !              
  +--------2    !                  
  !        !    +-----------B-vulgatus                                   [CFB group]                
  !        !
  !        +--------G-forsetii                                           [CFB group]
  !
  1------------------------------------------P-maris                     [planctomycetes]
  !
  +--------------------------------------------------------S-fradiae    [high GC Gram+]


Votre ORF vous semble-t'il toujours "en dehors" de votre groupe d'étude?