bonjour
j'ai une ORF (161AA) qui fait 1/3 de la taille des homologues(524AA),et méme avec le nbr séq 5000 j'ai pas atteint E-valus 10 .
Tous les groupes taxonomiques se chevauchent
a_proteobacteria : score [268------------71]
les autres proteobacteria      [90-------71]



























































bonjour
GOS_2889030.75
j'ai un ORF qui fait 161AA et les homologues 524AA en moyenne.
avec 5000 j'ai pas pu atteindre l'E-value 10 (9.6)et le plus bas score 71 dans le rapport taxonomique
tous les groupes (proteo,autres bactéries, archaea,eucaryotes(plantes))se chevauchent avec les scores suivants
                           a-proteobacteria [268---------71]
                              autres proteobacteria [90---71]
  autres bacteries(CFB,firmicutes ,cyanobacteries)[99-------71
                         archaea +plante]           [91-----71]
Avec l'alignement multiple la séquence des archaea et plante sont non alignéables(mauvais résultat: bcp de gaps) avec les autres homologues bien que leurs score >>seuil (11%de position retenues)donc j'ai enlever ces
deux séquences =>le résultat est meilleurs l'alignement semble correcte.
Donc le groupe d'étude est: proteobacteria + autres bacteries (fimicutes,cyanobacteria..) + Archaea + eucaryotes (bien que y'a pas d'archaea ni eucaryotes dans l'alignements et donc pas dans l'arbre )

Mais l'arbre phylogénétique obtenu entre les séquences selectionnées comme groupe d'étude  (toutes les proteobacteria + cyano + firmicutes)qui normalement non enraciné puisque j'ai pas de groupe exterieur,sépare les cyanobactries du reste du groupe et par conséquent j'ai pu enraciné l'arbre =>dans ce cas le groupe d'étude;proto + autres bactéries ?
groupe exterieur :cyanobacteries?
méme si cela ne répond pas à la régle  du chevauchement selon le rapport taxonomique?
j'ai refait plusieurs fois l'alignement multiples en changeant d'homologues =>méme conclusions quand au plante et archae .
je pense que j'ai eu des scores élevé(85 et 72 > seuil =71.6) e-value (-15 et -17 )pour ces derniers avec Blast car l'ORF est partielle.
je souhaite savoir si je considère tous les homologues comme groupe d'étude et si le reste du raisonnement est juste ou pas.
merci d'avance.

Bonsoir,
Il faut faire attention lors des résultats du BLAST, ce n'est pas parce que vous n'arrivez pas à 10 en terme d'e-value que vous n'avez pas tous les homologues. Vérifiez quand même que les dernières séquences trouvées soient bien des homologues. Si ce n'est pas le cas, vous devrez tout de même trouver une valeur seuil.
Pour le choix des groupes d'études et extérieurs, vous avez certes un chevauchement entre les a_proteobacteria et les autres mais très faibles (chevauchement de  19 : 90-71 alors que le score max des a_proteobacteria est 178 de plus que pour les autres groupes. Quand on a un groupe qui se détache si bien des autres, c'est celui-là qu'il faut prendre comme groupe d'étude. Je vous laisse trouver le groupe extérieur qui va avec.

Bonne chance,

Raphaël