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Forum "Alignement multiple: CLUSTALW"

Sujet de discussion: question sur l'alignement multiple

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question sur l'alignement multiple
Sarahanais
2 Mar 2012 10:39
Contribution non évaluée
Bonjour,
juste deux questions bêtes de compréhension mais qui m'empêche d'avancer.
Tout d'abord il est écrit dans les règles du jeu "Construisez les alignements multiples (séquences du groupe d'étude, du groupe extérieur et n'oubliez pas la traduction de votre ORF!)" donc il faut bien faire deux alignements un avec le groupe d'étude et un avec le groupe externe? ou on met tout ensemble? Parce que, par la suite, pour l'arbre phylogénétique il faut tout mettre ensemble?
Ensuite pour les régions conservées (mêmes acides aminés) sont indiquées par les "*" si je comprends bien. Et les ":" et les "." signifient que les acides aminés garde la même fonction ?

R_Bourgeas_12
2 Mar 2012 12:09
Maître de jeu
Vous ne devez faire qu'un alignement multiple, avec toutes les séquences que vous avez sélectionnées (goupe d'étude + groupe externe + traduction de votre ORF). En effet, c'est nécessaire pour la construction de l'arbre phylogénétique.
Pour la définition des sigles en bas des positions de l'alignement multiple, je devrais vous dire d'aller chercher dans l'aide de clustalW, mais, comme je suis gentil, je vous la met en dessous ;-) :

An * (asterisk) indicates positions which have a single, fully conserved residue.
A : (colon) indicates conservation between groups of strongly similar properties - scoring > 0.5 in the Gonnet PAM 250 matrix.
A . (period) indicates conservation between groups of weakly similar properties - scoring =< 0.5 in the Gonnet PAM 250 matrix.

Bonne continuation

Raphaël Bourgeas
Sarahanais
2 Mar 2012 12:24
Contribution non évaluée
Merci beaucoup pour votre réponse qui me sera très utile .
cordialement