Bonsoir,

Voici notre séquence: GOS_2883010.64

Je viens de réaliser les arbres phylogénétiques grâce à BioNJ et PhyML mais en lisant la FAQ, je vois qu'il faut cliquer sur "reroot" pour déterminer le groupe externe sur les arbres avant de les mettre sous format texte dans les résultats bruts.
Cependant, sur nos arbres obtenus, je n'arrive pas a déterminer quel est le groupe externe car pour la rubrique "rapport taxonomique" nous avions dit que le groupe externe correspondait aux "autres bactéries" (notre groupe d'étude étant les cyanobactéries).

J'ai donc collé dans les résultats bruts les deux arbres obtenus sans avoir appliqué le "reroot" afin que vous puissiez nous aider.

Cordialement,

Quentlude

Bonsoir Quentlude,

je vais essayé de t'aidé.. (je te promet pas)

Il faut que quand tu finis ton arbre phylogénique par Phyml ou Bionj, tu différencie biens tes groupes externe et d'étude. D'un coté et de l'autre


Par exemple regarde ici, ce que j'ai recu d'un premier temps aprés avoir recolorier et reconnu,

[IMG]http://img269.imageshack.us/img269/8023/1erb.png[/IMG]

Mon groupe d'étude est en bleu foncé et orange clair, et mon groupe externe est en bleu ciel et rouge.

on peut voir ici qu'il y a un peu de tout mélanger ensemble. J'ai cliquer sur le reroot pour réoganiser un peu mon arbre, suivi par sélectionner le reroot j'ai cliqué sur un endroit spécifique sur mon arbre (au début d'une des branches qui comprend mon groupes d'étude et externe ici celle à 0.82) pour reclasser en deux partie bien distinctes ses 2 groupes.

[IMG]http://img19.imageshack.us/img19/3664/phylotree.png[/IMG]


On voit donc ici, que mes 2 groupes externes et d'études sont bien séparer. Et sont classer par le même.

En espérant que sa a pu t'aider !

Bonne soirèe !

Bonsoir,
Pour Quentlude :
vous devez dans un premier temps activer le bouton reroot, puis dans un second temps, cliquer sur la branche qui se situe entre votre groupe d'étude et votre groupe externe (ou au moins la majorité de votre groupe externe. J'ai vérifié votre arbre PhyML et c'est tout à fait réalisable, même si vous avez un membre de votre groupe externe dans vote groupe d'étude. En revanche, vous ne pouvez guerre faire mieux pour votre arbre BioNJ.

Pour Stellathan : Attention, votre groupe externe n'est constitué que des Entérobactéries, votre arbre est donc mal enraciné.

Merci pour ton aide,

Enfait j'ai bien compris ce qu'il fallait faire mais j'ai un problème au niveau des branches de l'arbre, j'ai pas du tout comme toi, en faisant le reroot, j'ai toujours un groupe externe au milieu de mon groupe d'étude... Peut être qu'il faudrait que je l’enlève et que je le remplace par un autre car il m’embête vraiment...

Avant le "reroot":
[img]http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/get_result.cgi?task_id=bb8b7c5484a6e6297a8f47131426ee89&results_in_list=50&raw=1&file=phylo_tree.png[/img]

Après le "reroot":

[img]http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/get_result.cgi?task_id=bb8b7c5484a6e6292f995b45ea31bfd9&results_in_list=50&raw=1&file=phylo_tree.png[/img]

Mon groupe d'étude est seulement le bleu

Ah d'accord, donc ce que je viens de faire est juste?

Ce que vous venez de faire est PRESQUE juste...
Vous avez séparé la séquence du bas du reste du groupe externe.
Un dernier effort, vous y êtes presque...

Raphaël Bourgeas

Plutot comme cela?
[img]http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/get_result.cgi?task_id=bb8b7c5484a6e629ce53364931131023&results_in_list=50&raw=1&file=phylo_tree.png[/img]

Sinon je vois pas du tout comment faire...

Merci pour votre aide.

C'est ça :-)

"j'ai toujours un groupe externe au milieu de mon groupe d'étude... Peut être qu'il faudrait que je l’enlève et que je le remplace par un autre car il m’embête vraiment..."
=> NON, non, il ne faut pas enlever celui qui vous emmbête ;o)
Mais dans l'analyse des résultats, après avoir décrit la présence de cette séq dans votre  groupe d'étude, il faudra aussi essayer d'expliquer cette position : cf le pdf sur la phylogénie dans les règles du jeu.

Bon travail,
Bénédicte

Je viens de lire le pdf et je crois que dans mon cas il y aurait une phylogénie inférée montrant un mélange entre les groupes étudiés pouvant être dûe à l’existence de transferts horizontaux de gènes du groupe cyanobactéries vers les protébactéries et plus particulièrement les Rhodoferax ferrireducens.

Mais comme notre ORF est plus reliée aux cyanobactéries qu'à Rhodoferax ferrireducens, on pourrait conclure qu'elle serait plus proche du groupe d’étude mais on ne peut pas dire qu’elle appartient au groupe d’étude (du fait de la présence d'un groupe externe dans le groupe d'étude).

Est-ce le bon raisonnement ou suis-je complètement à côté?

Sinon Mr Bourgeas m'a dit plus haut: "J'ai vérifié votre arbre PhyML et c'est tout à fait réalisable, même si vous avez un membre de votre groupe externe dans vote groupe d'étude. En revanche, vous ne pouvez guerre faire mieux pour votre arbre BioNJ".

En utilisant l’icône "reroot", j'ai réussi à obtenir un arbre BioNJ ressemblant à celui obtenu par PhyML que j'ai mis dans mon analyse, j’espère qu'il n'est pas faux.

Merci pour vos réponses.