Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: Une astuce qui vous fera gagner du temps :)

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Une astuce qui vous fera gagner du temps :)
P_Hingamp_11
27 Oct 2011 19:04
Game master
Si vous collez vos résultats BLAST (au format text brut bien sûr) dans le formulaire suivant, vous découvrirez un moyen très rapide pour préparer un jeu de séquences au format FASTA avec les noms déjà préformatés:
http://annotathon.org/outils/blast_tax_report2.php

Enjoy:)
P_Hingamp_11
27 Oct 2011 19:10
Game master
Désolé, ça ne fonctionne plus avec la nouvelle présentation de BLAST sans les identifiants "gi"... Je vais explorer pour tenter de trouver une parade...
P_Hingamp_11
27 Oct 2011 19:14
Game master
OK, j'ai trouvé! Il faut cliquer dans la page de résultats BLAST de "Formatting options", puis choisir "Text" à l aplace de HTML et cocher la case  "NCBI-gi", enfi cliquez "Reformat" => ces résultats peuvent être collez dans le formulaire mentionné ci-dessus:
http://annotathon.org/outils/blast_tax_report2.php
ETalla_11
27 Oct 2011 19:24
Game master
Super Pascal...
Concretement vous devez proceder ainsi.
-Faire votre analyse Blastp avec votre ORF favori (modifier eventuellement l'option Max target sequences) pour avoir un nombre important d'homologues et donc une diversité taxonomique la plus large possible de vos homologues.
-Une fois le resultat Blast obtenu (format 'html'), utiliser le bouton 'Formatting Options' pour passer en format 'text', puis eventuellement changer le nombre d'alignement ou de hits de la table, et bouton 'reformat' pour avoir une sortie 'text'.
-Il suffit alors de copier-coller uniquement la liste des Blast Hits
-Cliquez sur rapport taxonomique et le tour est joué..

Bon courage,

ET
ETalla_11
27 Oct 2011 19:24
Game master
Super Pascal...\r\nConcretement vous devez proceder ainsi. \r\n-Faire votre analyse Blastp avec votre ORF favori (modifier eventuellement l\'option Max target sequences) pour avoir un nombre important d\'homologues et donc une diversité taxonomique la plus large possible de vos homologues. \r\n-Une fois le resultat Blast obtenu (format \'html\'), utiliser le bouton \'Formatting Options\' pour passer en format \'text\', puis eventuellement changer le nombre d\'alignement ou de hits de la table, et bouton \'reformat\' pour avoir une sortie \'text\'. \r\n-Il suffit alors de copier-coller uniquement la liste des Blast Hits\r\n-Cliquez sur rapport taxonomique et le tour est joué..\r\n\r\nBon courage, \r\n\r\nET
ETalla_11
27 Oct 2011 19:25
Game master
Desole Pascal,

J'avais pas vu ton message..

ET
ETalla_11
29 Oct 2011 21:41
Game master
Bonjour,

L'outil 'TAX_REPORTS' suggere ci-dessous montre pour le moment quelques bugs. En attendant sa mise au point, je vous conseille de revenir à la procedure classique (usage de l'outil ID2FASTA) pour generer les sequences choisis au format fasta.

ET