Toutes nos excuses pour l'interruption momentanée cet après-midi, tout est rentrée dans l'ordre pour l'Annotathon et les outils TaxReport et DefList !

Forum "Fonctions moléculaires & Processus biologiques"

Sujet de discussion: Fonctions moléculaires, processus biologiques et taxonomie

[ Retour aux forums ]
Fonctions moléculaires, processus biologiques et taxonomie
L3CharlotteAure
16 Feb 2011 20:00
Contribution non évaluée
Bonsoir,

Sur le résultat de la recherche INTERPRO, il n’apparaît pas de "GO Terms". Je voulais savoir si on pouvais remplir les fonctions moléculaires et les processus biologiques en faisant des hypothèses par rapport au domaine trouvé dans INTERPRO et en rapport des fonctions des homologues?

De plus, avec l'arbre phylogénétique, nous ne pouvons pas dire à quelle espèce appartient notre séquence. faut-il que dans la partie Taxonomie nous spécifions le groupe taxonomique du noeud immédiatement au dessus ou est-ce que l'on laisse la case vide?

Cordialement,

Jouvène Charlotte
C_Brochier_11
16 Feb 2011 20:48
Maître de jeu
Bonsoir,

Si vous n'avez pas terme GO qui apparaissent dans les fiches interpro correspondant aux domaines fonctionnels vous pouvez regarder les fiches swiss prot (si vous avez des homologues dans swiss prot). Il y a souvent des indications sur le processus cellulaire et la fonction biochimique des protéines.

Si vous n'avez rien de tout ça, il vous faut déduire de toutes les informations fonctionnelles que vous avez pu glaner quels sont les processus cellulaire et fonction biologique les plus adapté. Dans ce cas n'oubliez pas de justifier chaque terme. Si vous ne pouvez pas choisir de termes parmi ceux proposés, vous devez aussi expliquer pourquoi.

Céline Brochier
L3CharlotteAure
16 Feb 2011 21:27
Contribution non évaluée
Merci pour la réponse.
J'ai pu trouver le processus biologique et la fonction moléculaire.
Pour expliquer comment je les ai trouvé, je le détaille ou? dans la conclusion?

Et justement, après avoir enregistré notre conclusion, un message apparaît en haut de page comme quoi il y a trop de caractères dans notre conclusion! faut-il le prendre en compte et la réduire?

Jouvène Charlotte
E_Meglecz_11
17 Feb 2011 9:38
Maître de jeu
Bonjour,

En effet il faut raccourcir vos conclusions. Concentrez sur le croisement des résultats entre différents analyses dans cette partie.

En ce qui concerne le groupe taxonomique, il est peu probable de pouvoir déterminer l'espèce. Par contre, dans la majorité des cas, vous pouvez déterminer un groupe taxonomique plus large, par exemple, Bactéries, Firmicutes, gamma-protéobactérie etc.

Bon travail,

Emese Meglecz