Anntathon
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Messages Thèmes
17
 General Annotathon issues, using the interface, bugs etc.
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Messages Lecteurs Sujet
20 Apr 2018 8:30 ashru2006 Open Access
1
 22 Genomic Sequence
20 Apr 2018 8:29 ashru2006 Open Access
1
 5 Genomic Sequence
20 Apr 2018 8:24 ashru2006 Open Access
1
 6 Genomic Sequence
22 Feb 2018 20:39 E_Meglecz18 USTH2018
1
 22 closing time: 23:59 28th of February
6 Feb 2017 11:12 trungbui USTH2017
1
 33 Questions about the evaluation 1
31 May 2016 10:53 CamaliaTan PSB2016
2
 62 This sequence TO36D_5877010.1
21 Oct 2012 22:51 staggerwin Open Access
2
 41 Neighboring fragments
14 Apr 2010 16:30 bigecske2 UNIDEB
1
 27 annotálás
9 Jan 2009 21:38 Supervisor Open Access
1
 58 The "Rule book" is updated
5 Jan 2009 20:49 chevalier Open Access
3
 203 Informations de classification taxonomique
83
 ORF finding
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Messages Lecteurs Sujet
27 Jul 2018 11:32 Ryann PSB2018
1
 29 ORF
27 Jul 2018 11:27 Ryann PSB2018
1
 7 ORF
27 Jul 2018 11:11 Ryann PSB2018
1
 6 ORF
27 Jul 2018 9:31 NICSXY PSB2018
1
 8 orf_1
27 Jul 2018 9:25 NICSXY PSB2018
1
 8 ORF finding ORF1
26 Jul 2018 21:35 Jeremylimsy1995 Open Access
1
 6 orf
26 Jul 2018 10:57 riceline PSB2018
1
 6 FASTA FORMAT
26 Jul 2018 10:42 riceline PSB2018
1
 1 FASTA
23 Jul 2018 13:36 shaz PSB2018
1
 17 NO ORF
23 Jul 2018 7:14 Thasheeni PSB2018
1
 23 ORF
27
 Homolog hunting: BLAST
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Messages Lecteurs Sujet
27 Jul 2018 11:36 Ryann PSB2018
1
 12 BLAST Analysis
23 Jul 2018 7:48 Thasheeni PSB2018
1
 14 BLASTp
21 Jul 2018 7:40 Janus PSB2018
1
 26 No significant homology
21 Jul 2018 7:32 Janus PSB2018
1
 16 Only one homologue
21 Jul 2018 7:29 Janus PSB2018
1
 10 No putative protein
21 Jul 2018 7:28 Janus PSB2018
1
 16 Insignificant E-value
21 Jul 2018 7:23 Janus PSB2018
2
 50 E-value too insignificant
19 Jul 2018 12:16 Tessaoh PSB2018
1
 14 No homology
3 Jul 2017 18:39 jiaxin PSB2017
1
 48 New species found
25 Jun 2016 19:28 18575801_SY PSB2016
1
 19 blast
8
 Multiple sequence alignements
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Messages Lecteurs Sujet
27 Jul 2018 11:41 Ryann PSB2018
1
 2 MSA of top 5 sequences
23 Jul 2018 7:08 Thasheeni PSB2018
1
 20 Multiple alignment
28 Apr 2011 8:40 SAS BSB6_spring2011
1
 19 MSA
28 Apr 2011 8:18 HiraEjaz BSB6_spring2011
1
 18 clustalw2
27 Apr 2011 9:52 B_hajra BSB6_spring2011
1
 34 multiple sequence allignment
27 Apr 2011 9:37 B_hajra BSB6_spring2011
1
 13 multiple sequence allignment
18 Apr 2011 9:36 sanafarheen BSB6_spring2011
1
 13 msa :D
18 Apr 2011 9:29 sid_afo BSB6_spring2011
1
 16 multiple sequnce alignmnt
17
 Phylogenetic analysis
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Messages Lecteurs Sujet
25 Jun 2016 19:30 18575801_SY PSB2016
1
 14 Phylogenetic tree
28 Apr 2011 8:21 HiraEjaz BSB6_spring2011
1
 22 tree
27 Apr 2011 10:00 B_hajra BSB6_spring2011
1
 24 tree analysis
18 Apr 2011 9:38 sanafarheen BSB6_spring2011
1
 20 phylogenetic analysis
18 Apr 2011 9:32 sid_afo BSB6_spring2011
1
 17 tree details
19 May 2009 11:17 Maleeha BSB06CIIT
1
 26 annotation
27 Nov 2008 20:14 drhoads Open Access
11
 755 How to get a textual phylogenetic tree?
1
 Ontologies (molecular function & biological process)
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Messages Lecteurs Sujet
25 Jun 2016 19:34 18575801_SY PSB2016
1
 4 ontologies
15
 Conserved domains
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Messages Lecteurs Sujet
24 Jul 2018 9:57 Grace PSB2018
1
 10 no conserved domain and function had been identified
20 Apr 2018 8:15 ashru2006 Open Access
1
 6 INTERPROscan analysis
20 Apr 2018 8:14 ashru2006 Open Access
1
 4 Protein Domains
20 Apr 2018 8:11 ashru2006 Open Access
1
 2 Protein Domains
20 Apr 2018 8:07 ashru2006 Open Access
1
 2 Protein Domains
20 Apr 2018 8:05 ashru2006 Open Access
1
 2 Protein Domains
20 Apr 2018 8:04 ashru2006 Open Access
1
 1 Protein Domains
20 Apr 2018 8:03 ashru2006 Open Access
1
 3 Protein Domains
25 Jun 2016 19:32 18575801_SY PSB2016
1
 6 Conserved domains
25 Jun 2016 10:54 YAPws PSB2016
1
 6 Summary of TO78M_5925010.1
15
 Conclusion
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Messages Lecteurs Sujet
21 Jul 2018 7:38 Janus PSB2018
1
 24 Contains putative protein
22 Jan 2018 4:32 nhminh0701 USTH2018
1
 19 Vai cut
25 Jun 2016 19:35 18575801_SY PSB2016
1
 10 conclusion
24 Jun 2016 17:34 xuejing PSB2016
1
 18 Annotathon report 18601881
24 Jun 2016 17:28 Verniselim PSB2016
1
 10 Conclusion
24 Jun 2016 16:50 18393000 PSB2016
1
 4 TO9D_5914020 Genomic DNA (: Algiers-Barcelona station 9 DCM)
24 Jun 2016 16:38 reggiepsb PSB2016
1
 7 Conclusion on Sequence TO9S_5805010.1
24 Jun 2016 16:25 SiowChen PSB2016
1
 4 >TO68D_5917010 Genomic DNA (: CapeTown-Ascencion station 68 DCM)
24 Jun 2016 16:14 SyawqinaAdlin PSB2016
1
 6 Possible Putative Protein of TO32S_5896010.1
24 Jun 2016 8:40 018548141 PSB2016
1
 12 Blastp findings of the -2, +1 and +3 reading frames of the genomic sequence
574
 Annotathon: généralités, fonctionnement & bugs
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Messages Lecteurs Sujet
15 Sep 2020 12:18 PHingamp_PGF20 PGF-2020
1
 11 Documents supplémentaires pour comprendre les analyses à affectuer
2 Sep 2020 23:22 PHingampMM20 Master-Mer-2020
7
 77 Ressources supplémentaires : PDF et screencast
24 Aug 2020 1:55 mrsingh L3-PGF-CTES-2019
13
 48 Résultats
19 Apr 2020 11:50 Meglecz19CTES L3-PGF-CTES-2019
1
 11 Date limite repoussée au 04 mai
2 Apr 2020 11:56 F_Rosier_20 Bioch2020
1
 26 Seconde annotation
18 Mar 2020 18:13 B_Wirth_20 Bioch2020
6
 95 Délai supplémentaire de 24h ou 48h ?
14 Mar 2020 15:29 essai2020 Bioch2020
3
 93 Test
13 Nov 2019 11:40 AQuaiser_19 AME_2019
1
 19 forum within AME_2019 test message
2 Apr 2019 18:44 MAudhui OBI_2019
4
 57 Echéance
31 Mar 2019 23:09 Leacauchois18 L3-PGF-CTES-2018
6
 106 Informations
278
 Recherche d'ORF
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Messages Lecteurs Sujet
18 Oct 2020 12:36 ChaDev Master-Mer-2020
10
 63 Analyse des résultats
23 Aug 2020 12:18 mrsingh L3-PGF-CTES-2019
5
 25 Résultats bruts
14 Aug 2020 8:51 mrsingh L3-PGF-CTES-2019
6
 12 Bonjour Mme Meclecz, Je souhaiterai vous identifier des séquences ORF
14 Aug 2020 8:44 mrsingh L3-PGF-CTES-2019
2
 4 Bonjour Mme Meclecz,
16 Apr 2020 17:43 AgnesB L3-PGF-CTES-2019
5
 46 Taux dimilarité>90% mais protéine hypothétique
16 Apr 2020 17:34 AgnesB L3-PGF-CTES-2019
6
 52 Pas de codon START
20 Mar 2020 12:02 ouno Bioch2020
4
 73 Poids Moleculaire
20 Nov 2019 12:44 anloiret UCA_19_20
1
 44 1ère analyse
23 Oct 2019 12:45 carand0224 UCA_19_20
1
 47 1ère analyse
23 Oct 2019 9:02 Mars UCA_19_20
1
 47 ORFFinder
549
 Recherche d'homologues: BLAST
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Messages Lecteurs Sujet
26 Sep 2020 19:53 HajarIslem PGF-2020
2
 12 choix de séquences
5 Jun 2020 12:55 oassous L3-PGF-CTES-2019
2
 6 Augmenter du nombre de séquences du groupe d'étude
27 Apr 2020 18:03 AgnesB L3-PGF-CTES-2019
3
 22 e-value de 0.0 alors que moins de 90% de différence
19 Apr 2020 0:42 CandiceC L3-PGF-CTES-2019
7
 78 Choix des séquences homologues pour le rapport taxonomique
27 Mar 2020 16:44 eleonore L3-PGF-CTES-2019
3
 34 e-valeur seuil
17 Mar 2020 13:12 ouno Bioch2020
3
 85 Tableau 3 Nombre et qualite des alignements detectes
16 Mar 2020 23:30 Yassine Bioch2020
5
 174 Rapport taxonomique du Blast
16 Mar 2020 23:30 Yassine Bioch2020
2
 56 Rapport taxonomique du Blast
24 May 2019 10:29 ramonapojar L3-PGF-CTES-2018
2
 15 vérifier la fiabilité d'une annotation
19 May 2019 14:41 sheina L3-PGF-CTES-2018
4
 34 Fonction de mon ORF
224
 Alignement multiple: CLUSTALW
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Messages Lecteurs Sujet
21 Mar 2020 15:50 YasmineMyriam Bioch2020
2
 33 questions TP
21 Mar 2020 15:36 YasmineMyriam Bioch2020
2
 34 questions TP
17 Mar 2020 19:31 NimboKami Bioch2020
8
 161 les Blocs
21 May 2019 20:43 ramonapojar L3-PGF-CTES-2018
3
 27 deux protéines dans le meme ORF ?
10 May 2019 23:12 Krystel L3-PGF-CTES-2018
4
 65 Gaps à l'intérieur de l'alignement
26 Apr 2019 16:57 nicomine Bioch2019
2
 26 Positions conservées et arbres phylogénétique
16 Apr 2019 12:16 sheina L3-PGF-CTES-2018
3
 24 Déterminer la fonction de l'ORF
15 Apr 2019 22:14 teamNN Bioch2019
2
 58 analyse attendue
4 Apr 2019 22:01 hayafarouz L3-PGF-CTES-2018
7
 149 GROUPE D'etude imprecis mais forte e value
2 Apr 2019 15:03 JulieP L3-PGF-CTES-2018
5
 105 Alignement me semblant mauvais
668
 Analyse phylogénétique
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Messages Lecteurs Sujet
2 Oct 2020 11:11 ChaDev Master-Mer-2020
3
 27 Perte séquences pour aligment + arbre
27 Apr 2020 11:53 eleonore L3-PGF-CTES-2019
2
 14 bootstrap
22 Apr 2020 2:01 CandiceC L3-PGF-CTES-2019
5
 45 Positionnement de l'ORF dans l'arbre
21 Mar 2020 16:26 YasmineMyriam Bioch2020
2
 30 Arbre phylogénétique
18 Mar 2020 19:44 SSA Bioch2020
2
 42 construction des arbres
18 Mar 2020 11:52 Yassine Bioch2020
2
 50 Séparation des deux groupes d'étude et externe
17 Mar 2020 18:37 ouno Bioch2020
7
 136 Arbre phylogénique
20 Sep 2019 16:15 PHingampMM19 Master-Sciences-Mer
1
 9 Image de l'arbre "Zarbi" de la séquence OMRGCv2_8442080
26 May 2019 16:27 SARAH L3-PGF-CTES-2018
1
 11 RACINE et noeud
24 May 2019 15:08 SARAH L3-PGF-CTES-2018
4
 47 probleme racine
128
 Domaines conservés: INTERPRO
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Messages Lecteurs Sujet
18 Oct 2020 14:58 ChaDev Master-Mer-2020
2
 13 Fonction biologique
8 Sep 2020 11:57 eugtest BioCell2020
1
 41 pred cdsearch
20 Mar 2020 15:05 bylka Bioch2020
5
 83 analyse de l'arbre et de l'alignement multiple
13 Nov 2019 0:08 RLPGF PGF-2019
2
 39 Domaine protéique étrange
9 Feb 2019 21:11 GRA1_Antoine BISM2019
6
 185 Infos à mettre dans le Tableau
4 May 2018 20:59 MissDia95 Bioch2018
2
 21 Les numéros d'IPR à mettre dans la table 2
3 May 2018 20:00 MissDia95 Bioch2018
2
 16 Protocole
29 Apr 2018 18:42 Rosonp Bioch2018
3
 20 GO term
29 Apr 2018 13:41 Rosonp Bioch2018
2
 11 Toujours de GO-terms avec INTERPRO séquence 1
27 Apr 2018 16:50 Rosonp Bioch2018
2
 15 Pas de GO-terms
45
 Fonctions moléculaires & Processus biologiques
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Messages Lecteurs Sujet
21 May 2019 18:52 DebB L3-PGF-CTES-2018
3
 28 Doute sur le groupe d'étude et la séquence analysée
12 May 2018 23:15 MissDia95 Bioch2018
1
 8 Classification de l'ORF
24 Feb 2017 16:24 ClaraSophie Bioch2017
2
 32 Domaine proteique
23 Feb 2017 14:22 Vincent-Marine Bioch2017
3
 46 Choix de la fonction/processus et gène
27 Apr 2015 22:41 FranckLea Bioch2015
7
 100 Détermination du gène
22 Mar 2014 14:04 Tythan AMIG2016
2
 50 Problème de choix de la fonction moléculaire
23 Apr 2012 17:24 quentlude Biochimie 2012
2
 42 Symbole de gène
17 Feb 2011 17:18 BrothTeam Biochimie 2011
3
 60 pas de domaines structuraux sur interpro
16 Feb 2011 20:00 L3CharlotteAure Biochimie 2011
4
 141 Fonctions moléculaires, processus biologiques et taxonomie
17 Dec 2010 18:04 MELO BioCell2010
2
 54 Processus Biologique
72
 Conclusion
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Messages Lecteurs Sujet
17 Sep 2020 16:44 mrsingh L3-PGF-CTES-2019
1
 2 remise de l'Annotathon et attente de confirmation de l'heure et du lieu de l'examen
10 Sep 2020 14:10 mrsingh L3-PGF-CTES-2019
7
 27 Terminé à l'instant
24 Apr 2020 14:30 eleonore L3-PGF-CTES-2019
5
 42 conclusion
17 Apr 2020 10:54 eleonore L3-PGF-CTES-2019
8
 40 Arbre
7 Apr 2020 21:26 eleonore L3-PGF-CTES-2019
5
 42 arbre
19 May 2019 19:53 sheina L3-PGF-CTES-2018
3
 34 Rickettsiales intruses
7 May 2019 14:25 LAETITIA L3-PGF-CTES-2018
2
 44 manque de place / citation des sources
16 Apr 2019 0:06 DJABER-HOU L3-PGF-CTES-2018
5
 98 Soumision Annotation a l'evaluation
9 Dec 2018 11:54 ChloeB OBEM-2018
3
 56 Pdf
9 May 2015 19:14 LaurieNoemie Bioch2015
1
 14 Nombre de caractère limites de la conclusion